El nuevo diseño de la estructura del chasis y de la carrocería mejora la absorción y la dispersión de la energía de los choques a través de zonas de deformación programadas a fin de mantener integridad del espacio donde viajan los ocupantes. Un nuevo sistema de autoproteccion ayuda a reducir los daños que sufre la propia CR-V en casos de choque.

En casos de choque desde atras, los apoyacabezas activos delanteros reducen el impacto sobre el cuello. (Solo disponible en algunas versiones 2.4 EX con tapizado de cuero)

Las llaves contienen un chip que posee un único código digital para cada auto, el cual desbloquea el encendido. Sin esta llave es imposible arrancar el auto. Ademas las ceraduras de las puertas se controlan a distancia y un inmovilizador junto a la alarma protegen al vehículo contra personas no autorizadas.